南国商学院应用经济学学科始建于1998年。本学科现有教授22人，副教授13人，博士24人（海归11人），硕士生导师8人。担任教育部高等学校经济与贸易专业类教学指导委员会委员，兼任国家级、省级各类学术团体常务理事、理事、副会长以及省市决策咨询专家等30余人次。特聘教授1人为博士生导师、国务院特贴专家、国家社科基金重大项目首席专家。

本学科由经济学、金融学、国际经济与贸易学等二级学科组成；设置新兴金融、数字贸易与跨境电商、数字经济与创新发展等三个学科方向。现有省级协同创新研究平台——空港经济协同创新研究中心、中国贸促会商业行业委员会设立的首批“国际经贸规则与标准研究基地”；2017年6月，极地问题研究中心获批为教育部国别和区域研究备案中心；“国际贸易学”省级特色重点学科、“金融学”校级重点学科以及“国际商务”和“金融”两个校级专业硕士学位建设点。

本学科立足粤港澳大湾区从事促进大湾区经济发展的相关问题的研究工作，取得了丰硕的研究成果。近年出版系列著作20余部，在高水平学术期刊发表研究成果50余篇；多篇资政报告获得省委省政府领导批示。